Malaga, koja je dobila ime po Malaki (onaj ko soli ribu), osnovana je od strane Feničana oko 800 godine p.n.e i služila je kao trgovačka enklava posle kolonizacije koja j počela 1100 g.p.n.e osnivanjem Gadira (Kadis). Posle grčke vladavine (tokom više od 70 godina) Malagom su vladali Kartaginjani, ali posle tri punska rata, Malaga je potpala pod romansku vlast, sa imenom Flavia Malacita, kada je postala značajna tranzitna tačka koja se spajala sa drugim romanskim enklavama na poluostrvu i drugim mediteranskim lukama. Iz ovog vremena je Rimski teatar, koji je, iako malih dimenzija, jedan od najstariji u celoj Hispaniji. Posle pada Rimskog carstva, u Malagu dolaze nemačka plemena, konkretno vandali koji su sa istoka doneli arijanstvo.    

Početkom VIII veka počinje propadanje vladajuće monarhije i sa obala Severne Afike na Iberijsko poluostrvo dolaze Arapi. Malaga je pala pod njihovu vlast 743.godine. Malaga je tada postala razvijen grad, okružen zidinama sa pet velikih vrata. Unutar zidna bilo je više zasebnih delova grada, a istok i zapad grada je spajao jedan put koji je povezivao luku i Alkasabu sa gradom unutar zidina. Van zidina bili su smešteni trgovci i Jevreji. Abderaman III je u XIII veku sagaradio Vrata Atarazanas (La Puerta de Atarazanas, sadašnji ulaz u glavnu pijacu). Iako je već u XIV veku bilo prvih pokušaja osvajanja, tek su Katolički kraljevi uspeli da je osvoje.

Malaga je osvojena 19. avgusta 1487 (poslednji osvojeni grad bila je Granada 1492. godine). Posle osvajanja, religiozne zajednice su bile najzaslužnije za urbano razvijanje grada. Po prvi put se pravi  glavni trg (plaza Mazor, danas Plaza de la Constitución) i manastiri Victoria i Trinidad.XVI i XVII vek karakteriše kriza zbog koje su proterani mavari, loša žetva, uzrokovana poplavama reke Guadalmedina i epidemije. U XVII veku napravljena je luka koja je kasnije proširena. Iako su započeti radovi na katedrali 1528. godine, neće biti završena do XVIII veka, kada je već uveliko počeo barok. U istom periodu se radi na povećanju luke.

U XIX veku počinje značajan urbanistički razvoj, kada se jasno odvajaju industijska zona i zona gde se grade velike vile i hoteli. Otvaraju se ulice Markes de Larios i La Alameda. Ekonomska i politička kriza uzrokovana lošom vladavinom kralja Fernanda VII (koji je dozvolio nepravedno streljanje Torihosa čiji ostaci počivaju na trgu koji se danas zove Plaza de la Merced, centar zabava i drugih aktivnosti) obeležile su XIX vek. Prve decenije XX veka su bile plodne, ali tek od 60 godina XX veka Malaga postaje prava turistička atrakcija koju milioni turista biraju da provedu svoj odmor čime postaje peti grad po važnosti u celoj Španiji i mnogi stranci je biraju kao idealno mesto za život. Od 1992. godine Malaga raspolaže velikom infrastrukturom koja je povezuje sa ostalim većim gradovima u Španiji i poseduje jedan od najvažnijih međunarodnih aerodroma u Evropi.